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i la lumière est le fil conducteur de la physique cartésienne, la machine, et plus particulièrement l'horloge, est le terme le plus fréquemment employé par Descartes pour désigner le corps, aussi bien celui de l'animal que celui de l'homme.

Dès ses premiers écrits (dans le Traité - non publié - de L'Homme), Descartes a pensé pouvoir beaucoup mieux expliquer les diverses fonctions corporelles en comparant le corps à une machine automate qu'en considérant la vie comme quelque chose d'irréductible à la matière. Contrairement à l'enseignement d'Aristote, ce n'est pas l'âme qui pour Descartes fait du corps un corps vivant, animé. On doit pouvoir expliquer les principales fonctions corporelles - la digestion, la locomotion, la respiration, mais aussi la mémoire et l'imagination corporelles - comme si elles résultaient d'un mécanisme que Dieu avait voulu rendre automatique, comme une horloge destinée à montrer les heures par la seule disposition de ses roues et contrepoids. Inutile donc de supposer une petite âme qui dirigerait chaque fonction principale et lui ferait réaliser le but pour lequel elle a été conçue.

Cette représentation, destinée à un grand avenir (la comparaison du corps avec une machine n'a jamais cessé, de l'horloge à roues à l'ordinateur), constitue une des pièces maîtresses de la pensée cartésienne. Sur elle va reposer la distinction métaphysique de l'âme et du corps, mais aussi l'explication de leur union au sein d'un même être, l'homme ; sur elle aussi s'appuiera l'explication cartésienne de la formation des passions dans l'âme. Car pour comprendre comment les passions se produisent dans l'âme, comme pour savoir comment leur résister, il faut d'abord pouvoir reconnaître l'action du corps seul sur l'âme et donc ne pas sous-estimer son rôle et son influence dans la plupart des pensées et des conduites des hommes. L'importance accordée de tout temps par Descartes à la médecine tient aussi à cette conception de l'automatisme corporel.

« Je désire que vous considériez que ces fonctions [ digestion, nutrition, respiration, etc. ] suivent toutes naturellement, en cette machine, de la seule disposition de ses organes, ni plus ni moins que font les mouvements d'une horloge, ou autre automate, de celle de ses contrepoids et de ses roues. » Traité de l'homme