'étude des passions, commencée en 1645 et achevée avec la publication des Passions de l'âme à la fin 1649, est le dernier grand thème abordé par Descartes. Cette question, différente des principales questions traitées jusque-là dans la philosophie cartésienne, n'est pas traitée autrement que les autres. Dans la préface, Descartes prévient en effet le lecteur : « mon dessein n'a pas été d'expliquer les passions en orateur, ni même en philosophe moral, mais seulement en physicien. »
L'originalité de Descartes sur ce sujet tient, une fois encore, à la méthode. Les passions sont des phénomènes naturels de l'âme, il ne faut donc pas gémir ou discourir sur elles mais les expliquer par leurs causes naturelles. Ces causes sont corporelles, les passions que l'âme éprouve en elle-même, au plus intérieur d'elle-même, sont causées par les divers mouvements des nerfs et des esprits animaux qui se produisent à tout moment dans la machine de notre corps. D'où l'importance accordée par Descartes à l'explication des principales fonctions corporelles au début de son traité afin que l'on ne puisse pas confondre ce qui appartient en propre à l'âme - les actes volontaires - avec ce qu'elle éprouve en elle du fait de son étroite union avec le corps. Ainsi la colère, la honte, l'indignation, la joie, la tristesse l'amour, la haine et, généralement, toutes les émotions vives et soudaines sont engendrées et entretenues dans l'âme par les divers mouvements qui se font dans le corps, la plupart du temps par réaction avec l'environnement.
Car il ne suffit pas de reconnaître qu' « elles [les passions] sont toutes bonnes » - Descartes voulant dire par là qu'elles ont toutes, selon « l'institution de la nature », une utilité, un rôle important dans la conservation de la vie -, il faut aussi indiquer quels sont les moyens de s'en rendre maître avec adresse afin qu'elles puissent nous toucher vraiment sans nous rendre esclaves. Car ce sont « les hommes qu'elles peuvent le plus émouvoir [qui] sont capables de goûter le plus de douceur en cette vie », écrit Descartes dans le dernier article de son traité.
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