Après un bref passage à l’École nationale supérieure des Arts Décoratifs, Emmanuel Guibert se fait connaître grâce à un premier album de bande dessinée, Brune (1992), qui retrace la montée du nazisme. Cette œuvre, qui lui prend sept ans de travail, témoigne de son intérêt pour l’histoire contemporaine et le rapproche des talents de la maison d’édition L’Association, qui, dans les années 1990, renouvelle la bande dessinée alternative. 

Parallèlement à ce travail personnel, Emmanuel Guibert entame une collaboration avec Joan Sfar avec La Fille du professeur (Prix René Goscinny au Festival international de la bande dessinée d'Angoulême en 1998), puis avec les séries La Sardine l’espace (2000-2014) et Les Olives Noires (2001-2003). Il scénarise également la série à succès Ariol (2002-2006), dessinée par Marc Boutavant. 

L’originalité de l’œuvre d’Emmanuel Guibert s’est en partie construite sur une rencontre : celle d’Alan Ingram Cope, ancien G. I. qui a combattu pendant la Seconde Guerre mondiale et qu’il décide d’interviewer. Ces entretiens lui font entrevoir un sens inédit à son travail d’auteur, et s’oriente dès lors vers un style documentaire et psychologique qui fait aujourd’hui sa marque de fabrique. 

Emmanuel Guibert réitère d’une certaine façon ce processus d’écriture original avec Le Photographe (2003-2006), bande dessinée réalisée à partir des souvenirs de Didier Lefèvre, photographe parti en Afghanistan dans les années 1980 aux côtés de Médecins sans frontières, ou encore dans son album Japonais (2008), carnet de voyage de ses trois séjours au Japon et de sa résidence à la Villa Kujoyama dans lequel se croisent peintures, dessins et collages.

Promu Chevalier de l’ordre des Arts et des Lettres en 2013, l’auteur a, par ses sujets ouverts sur l’international (La Guerre d’Alan, Le Photographe…), su toucher des publics du monde entier. En 2017, il reçoit au Festival international de la bande dessinée d’Angoulême le Prix René Goscinny pour son travail de scénariste pour l’ensemble de son œuvre. Le Festival lui consacre une exposition l’année suivante, puis lui accorde, en 2020 son Grand Prix, saluant sa « virtuosité technique » et « la profonde humanité » de son travail.